Lors d'une traversée en mer, Link se retrouve pris dans une tempête, fait naufrage et est échoué sur la plage de l'île Cocolint. Pour rentrer chez lui, il doit maîtriser des donjons difficiles et vaincre des monstres terrifiants. La nouvelle version de ce classique du jeu reprend de nombreux éléments qui rendaient déjà le titre Game Boy unique, comme les salles au style de jeu de plateforme 2D ou encore les apparitions de personnages qui n'appartiennent pas à la série The Legend of Zelda.