Pour la filtration par adsorption, c'est-à-dire pour l'élimination des polluants chimiques (chlore, résidus de médicaments, etc.), il existe des cartouches de charbon spécialement traitées. La filtration par adsorption est généralement nécessaire uniquement pendant la phase de démarrage de l'aquarium ou après l'utilisation de médicaments. Les cartouches filtrantes ne doivent en tout cas être utilisées que pendant une période limitée (environ 4 semaines) et doivent ensuite être retirées ou remplacées.